doi: 10.1093/nar/gkae293
초록
공간 전사체(ST) 기법은 조직과 장기의 특정 부위에서 유전자 발현 수준을 파악할 수 있게 하여 생물학적 기능에 대한 통찰을 제공합니다. ST 데이터는 샘플마다 유전자 발현과 위치 정보를 제공하지만, 형태와 좌표가 서로 다른 조직 샘플 간에 공간 유전자 발현 패턴을 직접 비교하기는 쉽지 않습니다.
본 연구에서는 공간 정합(spatial registration) 과정을 통해 서로 다른 샘플 간 비교가 가능하도록 ST 데이터를 다차원 이미지 매트릭스로 재구성하는 방법을 제안합니다. 두 개의 마우스 뇌 ST 데이터셋을 활용해, 특정 해부학적 관심 영역의 유전자 발현을 다양한 생물학적 상태 간 픽셀 단위로 비교·분석할 수 있음을 확인했습니다. 또한 조직 샘플 간 차등 발현 유전자가 있는 영역을 찾아낼 수 있는 통계 파라미터 맵을 생성합니다.
본 접근은 ST 데이터 분석의 효율적인 방법론을 제공하며, 다양한 생물학적 조건에 대한 정밀한 통찰을 제공할 수 있습니다.
저자: Ohn J, Seo M, Park J, Lee D, Choi H (2024)
